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1.选择微生物菌种。 动物消化道微生物具有多样性和特异性。不同的动物类型对细菌有不同的要求。不同的动物使用相同的菌株，其效果也有很大的不同。在使用时，我们必须掌握细菌的特性和功效。选择不当不会产生应有的效果，但会破坏原有的菌群，甚至引起疾病。 2.微生物菌种的应用时间。 微生物制剂应从子畜开始使用，以确保优先种植有益细菌。因为制剂进入人体后需要一段时间来调整微生物菌群，然后才能定植。 一般认为，乳酸菌最好添加到各种动物的各个阶段，芽孢杆菌最好添加到生长期，可以在幼年添加；曲霉在幼年不需要添加到水生动物中；酵母在生长期不需要添加；在水生动物养殖中，为了提高水质，微生物制剂或光合细菌可以直接洒在水中。 3.添加微生物菌种的方法。 一般来说，在粉状饲料中添加微生物制剂效果良好。颗粒饲料和膨化饲料在加工过程中的高温会导致10%~30%的芽孢杆菌、90%以上的肠球菌和99%以上的酵母失活，几乎所有的乳酸杆菌都会被杀死。因此，应使用抗热和抗挤压的芽孢杆菌制剂作为颗粒饲料。乳酸菌不耐高温，应采用冷冻干燥或喷雾干燥制成的乳酸菌制剂。使用时最好使用饮用水，以便乳酸菌优先粘附在肠壁上。 4.微生物菌种的剂量和浓度。 微生物制剂必须含有相当数量的活细菌才能达到效果。当进入动物肠食糜的外源性细菌数量超过1000万克时，会对肠内原有细菌产生很大影响。因此，产品中微生物制剂的活菌含量为10亿~20亿克，效果最好。 中国正式批准的微生物制剂规定，每克芽孢杆菌的含量应超过5亿。以酵母产品为例，目前市场上销售的活菌数量从每克数亿到200亿不等，应仔细鉴别。 5.抗生素对微生物菌种的影响。 细菌微生物制剂对抗生素敏感，不应与抗生素同时使用。抗生素应在使用微生物制剂前后两天停止使用。最好先用抗生素清洁肠道，清除益生菌定植和繁殖的障碍，然后喂食微生物制剂，以提高使用效果。酵母是一种真正的核生物。其生物活性与抗生素完全不同。磺胺类药物和一些抗生素具有天然抗性，可与抗生素同时使用。 6.保存条件和期限的微生物菌种。 微生物制剂是活细菌制剂，因为大多数细菌都在饲料加工中。在运输过程中容易失活，在应用中应注意保存期。通常，微生物制剂应密封并保存在阴凉处，以避免光线。储存时间不宜过长。有效期一般为一年左右。随着储存时间的延长，活细菌的数量继续减少。厌氧细菌暴露在空气中，容易死亡。一些产品已包装或真空包装，应在打开包装后规定的时间内使用。酵母是一种兼性厌氧细菌，可长期保存。芽孢杆菌的有效期比其他类型长约2年。